1949年，中华人民共和国成立后，长清县划为11个区 、94个乡。1950年，长清、河西两县合并统称长清县，全县划为17个区，黄河以东划为第一至第八区和第十七区9个区;黄河以西划为第九至第十六区8个区。

1952年11月，并17个区为15个区。1956年，将长清县所属黄河以西1个区，划归齐河县，全县改为1个镇、11个区、94个乡。1957年调整为1个镇52个乡。

1958年，将全县改划为18个乡镇。1958年，人民公社化运动中，取消乡镇成立人民公社，全县设10个人民公社。

1959年2月，张夏、崮山两公社合并为张夏公社，全县设9个公社。1959年10月，撤销长清县，原孝里公社划属平阴县，双泉、马山、五峰公社划属平阴县，其余各公社划入历城县。

1961年5月，恢复长清县建制。1962年，五峰、马山两公社合并为马山公社，全县共设8个公社。1976年8月，恢复崮山公社和五峰公社，全县共设10个公社。

1982年2月，将全县划为1个镇9个人民公社。1984年2月，撤销人民公社，全县划为9个区、1个区级镇、31个乡、5个乡级镇、610个村民委员会、743个自然村。1985年，区划调整时，设立武家庄乡，全县划为7个镇、4个乡，共有611个行政村。

1995年4月，撤销马山乡、五峰山乡，同时设立马山镇、五峰山镇，全县共辖9镇、2乡、613个行政村。

2001年6月26日，撤销长清县，设立济南市长清区，辖长清、平安店、归德、孝里、马山、五峰山、万德、张夏、崮山9镇和双泉、武家庄2乡、613个行政村。

2003年11月，撤销长清、平安店、崮山、五峰山四镇，同时成立文昌、平安、崮山、五峰四个街道办事处。

2005年12月，万德镇、武家庄乡合并为万德镇。

2016年10月，撤销归德、万德、张夏三镇，设立归德、万德、张夏三个街道办事处。

全区共下辖8个街道、2个镇，分别是文昌街道、平安街道、崮云湖街道、五峰山街道，归德街道、万德街道、张夏街道、孝里街道、双泉镇、马山镇。区人民政府驻文昌街道。